Estando en Matoen, en el camino, Ibarra y su gente se encontraron con un pueblo perteneciente a un encomendero de San Miguel de Culiacán. Los indígenas de esta región de Culiacán, Matoen y Topia eran acaxees, pertenecientes a la nación tebaca, los cuales eran salvajes y salteadores.
El alcalde mayor de Culiacán era Pedro Tovar, el cual estaba bajo la jurisdicción de la Nueva Galicia, quien recibió y apoyó con agrado al gobernador de la Nueva Vizcaya, Ibarra. En seguida le sugiero la exploración y conquista de las provincias de Sinaloa, al norte y de Chiametla, al sur, en virtud de su fracaso en lo tierra de Topia.
De Culiacán, Ibarra y sus veinte y seis hombres partieron con rumbo al rio Sebastián de Évora, hoy rio Mocorito, donde los nativos le ofrecieron doscientos guerreros. De aquí, siguió hasta el rio Sinaloa o rio Petatlán, nombre dado primero al rio y luego a los nativos, desde la época de Nuño de Guzmán, dado que sus casas estaban cubiertas por petates.
La región estaba ocupada por indígenas muy belicosos y a pesar de ello, Ibarra logro pacificarlos de la mejor manera. Repartió entre sus hombres las poblaciones de San Sebastián de Évora (Mocorito) y Petatlán que pertenencia a la encomienda de Pedro de Tovar y a Cristóbal de Tapia. Como a una legua de Petatlán encontraron el pueblo de Piaxtla, donde unos seis cientos guerreros los recibieron en son de paz, donde fray Azevedo trató de adoctrinarlos. Estos indígenas pertenecían a la tribu de los Guazabe, quienes andaban prácticamente desnudos. Los hombres usaba taparrabo de algodón y las mujeres faldas de cuero de venado. El Mar de Sur estaba a uno 80 km., y estaban casi al pie de las montañas de la sierra.
Estando Ibarra en Petatlán, su intérprete murió, pero, por suerte supo de otro interprete de los ocoran, de más al norte. Ella no sabía leer, pero estaba familiarizada con la lengua azteca y otras. Se llamaba Luisa, políglota y esposa del cacique de Ocoran, aunque realmente ella era la jefa de la tribu, debido a su gran sabiduría y habilidad para gobernar. Eran nativa de Culiacán, capturada cinco veces y esposa de varios caciques. Entendía los dialectos de los naturales desde Culiacán hasta Sonora y Corazones. Cuando Luisa llegó ante Ibarra, vestía solamente una falda de algodón de la cintura para abajo.
De Petatlán, los españoles partieron para el norte, hasta Ocorani. Este pueblo contaba con unas cuatrocientas casa hechas de junco tejido, ubicadas al pie de la montaña, junto a un barranco y un riachuelo. Ibarra logró reconciliar a los habitantes de Ocorani y Pentatlán, enemigos ancestrales.
De Ocorani, partieron para el pueblo de Ciguini, pueblos que se encontraban entre los ríos Sinaloa y El Fuerte y continuaron hacia Tegueco, sobre el rio el Fuerte. Los límites originales pueden ser, al norte, el rio Mayo y Sinaloa, al sur; al este, la Sierra Madre Occidental, con grandes depósitos de plomo y plata, y al oeste , La Mar del Sur. Estaba habitada por cerca de 30,000 indígenas.
El pueblo de Tegueco se encontraba a unos 80 km del Mar del Sur y a unos 24 km. de la sierra. Tenía cerca de 1,000 habitantes, quienes recibieron amablemente a los españoles. En el rio Sinaloa construyeron un fuerte de troncos de madera y esperaron unos meses a que les llegaran refuerzos y el padre Azebedo que llegara de México con más religiosos. También esperaron a los hombres que se habían quedado en Topia.
Cuando llegaron todos los refuerzos, Ibarra y su gente regresaron al rio El Fuerte donde fundaron una villa, con sus ventajas de ese lugar y para hacer encomiendas y repartimiento de tierras entre sus hombres, en recompensa de sus servicios. El lugar estaba en los bancos fértiles del rio El Fuerte, en un lugar llamado Carapoa, a solo 8 km., de Tegueco. Se ofició una misa, y luego se hizo la fundación de la villa, en el mes de mayo o junio de 1564. El gobernador nombró lo representante municipales, se construyó una iglesia e Ibarra mandó a Betanco a Culiacán a traer mas colonizadores, provisiones, ganado porcino, mayor y lanar, para otorgárselos a los colonizadores sin costo alguno.
Fue en estas fechas de junio de 1564 cuando se supo de la muerte de Pedro Morones, a través de Juan Zaldívar y Mendoza, quien llegó de Guadalajara a Culiacán, donde se encontraba Ibarra. Zaldívar le entregó a Ibarra una cédula real donde se le ordenaba que continuara con la conquista y colonización, aunque entrara a territorios que ya habían sido descubiertos.
La región de Chiametla, incluía desde el mar, las montañas, Compostela y Culiacán, nunca había sido controlada adecuadamente por Morones. Al morir Morones, la situación cambió por completo. Ibarra, decidió iniciar por Chiametla, dejando a Antonio de Betanco encargado del pueblo de San Juan de Sinaloa.
Ibarra partió para Chiametla desde Culiacán, en abril de 1565,siendo alcalde mayor de esta población, Pedro Tovar, quien lo ayudo mucho a su llegada. Tovar estaba casado con doña Francisca de Guzmán, hija de Gonzalo de Guzmán, quien fuera gobernador de Cuba.
Ibarra le comunicó a su tío Diego de las intenciones de conquista, quien le contestó dándole todo el apoyo necesario.
La conquista del lugar de Chiametla tardo once meses, ubicada entre los ríos Mazatlán y Las Cañas, a mitad del camino entre Compostela y Culiacán y como frontera septentrional el rio Piaxtla.
Nuño de Guzmán ya había fundado una población en el rio de Chiametla, pero este asentamiento duro muy poco tiempo, debido a los constantes ataques de los naturales. Chiametla era el paso obligado por los conquistadores cuando iban hacia el norte, desde la época de Coronado.
Ibarra llegó al pueblo de Caguacán, cuyos nativos pertenecían al encomendero Juan Arias. De aquí partió Ibarra hacia el rio y población de Piaxtla.
Piaxtla fue la primera población de Chiametla, por lo que Ibarra tomo posesión del lugar en nombre de Su Católica Majestad. Este acto fue registrado por Sebastián Quiroz, secretario del gobernador. Con una cruz en el centro de la población y el inicio de construcción de una iglesia.
De aquí de Piaxtla, Ibarra partió para el río Chiametla, done estableció su campamento. Los indígenas de esta población eran pacíficos, pero los de las montañas, lo hinas, llamados como caribes por Obregón, eran muy salvajes, eran caníbales.

Ibarra inició la pacificación de los hinas, quienes habitaban en lo alto de un peñol llamado Cacalotlán. Vivian en grande y profundas barrancas, cerca del rio Humace, que es una vertiente del Piaxtla.
Por fin, Ibarra logró vencerlos, pero pusieron la condición de que los negros que venían con los españoles no se les acercaran, ya que los consideraban espíritus diabólicos. Ibarra accedió a sus petición con la condición de que terminaran con sus actividades de canibalismo. En una población de las montañas, los españoles encontraron dos mil cráneos humanos y una enorme cantidad de huesos de los de los cautivos que habían sido comidos por los hinas.
Fue tan cruenta la lucha en esta región, que solo quedaban alrededor de cinco mil nativos, cuando en la época de Nuños de Guzmán, en un solo lugar, existían ese mismo número de personas.
En la conquista de Chiametla, ningún español murió en las cuatro batallas libradas.
Después de esta conquista de Chiametla por Ibarra, los oidores de Nueva Galicia reclamaron su autoridad sobre esta provincia, argumentando las concesiones otorgadas al doctor Morones, queriendo echas fuera al gobernador Ibarra
Después de todos los esfuerzo de los oidores hechos y que fallaron, recurrieron al virrey y luego al rey. La legalidad de la conquista de Ibarra sobre Chiametla fue fechada el 31 de mayo de 1567. Firmada por el virrey, Marqués de Falces.
El rey ordenó una visita a la provincia de Nueva Vizcaya, al igual que un juicio de residencia al gobernador Ibarra
Después de la pacificación, Ibarra decidió hacer una fundación permanente en el mismo sitio del campamento, junto al rio Chiametla. El pueblo nuevo se llamó San Sebastián, por haber sido fundado el día de ese santo, 20 de enero.
Otras poblaciones surgieron alrededor de las minas de Chiametla. Las más importantes fueron, Pánuco, Copala y Nochistlán.
Las Charcas, a 40 km., de San Sebastián, fueron fundadas por un movimiento independentista de San Martín, iniciado por ocho portugueses, quienes buscaban otras minas, cruzando las montañas llegaron hasta Chiametla.
Lope Fernández y otros mineros de Durango, pidieron permiso a Ibarra de buscar minas en Chiametla, lo cual fue autorizado, con buen resultado minero.
La conquista de Chiametla y fundación de San Sebastián, tardaron once meses a Ibarra. Después se fue a Sinaloa, recorrió el norte, regresó a Chiametla, en donde vivió el resto de su vida. Al regreso de Salvador Ponce de México, le confirió el cargo de alguacil mayor, Posteriormente llegaron dos personajes que tendrían muy importantes papeles en la historia de la Nueva Vizcaya, fueron Hernando de Trejo y Baltazar de Obregón, el gran historiador.
Trejo había sido contactado e invitado por Ibarra, para teniente – gobernador de Chiametla, como militar experto, quien aceptó. En Compostela conoció a Baltazar de Obregón, quien había sido herido en Chiametla, y es cuando entra en la historia de la Nueva Vizcaya. Por lo tanto su crónica esta basada en lo vivido personalmente, a partir de su llegada con Ibarra.
La misión de Obregón en Chiametla era advertir a Ibarra que Juan de Avellaneda había conseguido un mandato real en contra del gobernador de la Nueva Vizcaya y de sus hombres por el robo de setecientos caballos en San Martín.
Por estas fechas, Ibarra escribió al rey solicitando se le confirmara su puesto de gobernador y se le asignara un salario de dos mil ducados. La petición fue evidentemente concedida, hasta cerca de un año antes de morir el conquistador, Francisco de Ibarra.
En resumen, Ibarra logró la pacificación de la zona de Chiametla, donde habían muerto mas de tres mil nativos desde la época de Nuño de Guzmán, en manos de los caníbales.
Otros resultados importantes de la pacificación fue que los viajes hacia Culiacán fueran confiables y seguros. Con esto, el desarrollo de la región tomo enormes bríos. Chiametla era rica en pesca, tenía salinas suficientes para el desarrollo de la minería y su tierra muy fértil.
Cuando Coronado paso por la región, en busca de Cíbola, perdió varias cabezas de ganado, las cuales se multiplicaron en miles. Así, Culiacán fue uno de los puntos importantes para el avance de la conquista del norte, y expansión de la Nueva España.